مصطفی پورمحمدی، وزیر سابق دادگستری و از چهره‌های اطلاعاتی امنیتی حکومت اسلامی، در اظهاراتی جنجالی و برخلاف روایت رسمی حکومت ایران، گفته است که عاملان قتل‌های سیاسی موسوم به “قتل‌های زنجیره‌ای” در چارچوب وزارت اطلاعات فعالیت می‌کرده و “هیچ خودسر” نبوده‌اند.
او همچنین باز هم برخلاف روایت رسمی که سعید امامی و دیگر عوامل قتل‌های زنجیره‌ای را “آلت دست بیگانگان” عنوان می‌کند، گفته است که سعید امامی نه “مدیر پروژه” و نه مقام تصمیم‌گیری یا طراحی و اجرا، بلکه تنها “مشاور وزیر” بوده است.
علی خامنه‌ای، رهبر حکومت اسلامی، در نخستین واکنش خود به ترورهای سیاسی در ایران روز ۲۳ آذرماه ۱۳۷۷ مسیر تحقیقات در این خصوص را با این جمله مشخص کرده بود: «مطمئنا اگر تحقیق و دنبال کنند، سرنخ‌ها را به دست خواهند آورد. بدون شک، مستقیم و یا غیرمستقیم، دست دشمن در کار است.»
دیگر مقام‌های حکومت اسلامی نیز در نخستین واکنش‌های خود، سرویس‌های امنیتی بیگانه به‌خصوص اسرائیل را عامل قتل سیاسی دگراندیشان معرفی کردند و وزارت اطلاعات ایران نیز در دی‌ماه ۷۷ عوامل قتل‌ها را “خودسر” نامید.